摘要:A pesquisa agropecuária tem como uma de suas importantes consequências a alteração de determinadas práticas, formas de produzir e uso de insumos, um processo inerente de mudança direcionada à produção agropecuária. De outro lado, essa mudança pode ser planejada e direcionada por determinados atores, entre eles destaca-se o Estado, na forma da política de pesquisa agropecuária, ou pode ser apenas uma reação às mudanças já introduzidas no ambiente. Para tanto, esse artigo, que se propõe a analisar as mudanças na pesquisa agropecuária no Brasil com enfoque na inserção dos temas de pesquisa considerados inovadores, como produção orgânica e agroecologia no âmbito da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária, a Embrapa. Tal objetivo é alcançado a partir de pesquisa bibliográfica com aporte teórico na Nova Economia Institucional, pesquisa no portal da Embrapa em sua base de dados, e a partir de um questionário enviado e respondido por pesquisadores e técnicos da organização. Após, as análises e leituras realizadas percebeu-se que existem ações sendo desenvolvidas em assuntos relacionados à agroecologia e agricultura orgânica e agricultura familiar de forma crescente a partir dos anos 2000, porém, ainda parece ter força e grande representatividade a pesquisa convencional, no âmbito da organização pesquisada.