日本では毎年，有毒キノコの誤食による食中毒が数十件発生している．食中毒の原因究明のために行われるキノコの肉眼・顕微鏡観察による形態学的鑑別法は，高度な菌類学の専門知識を要するうえ，キノコが原形をとどめていない食中毒検体（喫食残品や患者吐物）には適用が困難である．そこで，種の同定に有用とされるDNAバーコーディング法（塩基配列解析による種同定）を応用した種特異的プライマーの設計によるキノコのスクリーニング法について検討した．日本で食中毒事例のあるキノコのうち，5種類のキノコ（オオワライタケ，オオシロカラカサタケ，ニガクリタケ，スギヒラタケ，カキシメジ）について種特異的なプライマーを作製した．本法は調理および人工胃液による処理の影響を受けず，湿試料100 mgのキノコ（DNA 10 ng）を，約2時間半で検出可能であった．キノコによる食中毒疑いが発生したとき，本法によるスクリーニング検査と同時に，ITS1領域の塩基配列解析による確認検査を行う．塩基配列解析には約9時間以上要することから，本法と塩基配列解析を併用することにより，検査精度を担保するとともに，保健所や衛生研究所等において，より迅速な食中毒対応が可能になると考える．