近年,多くの植物や植物病原微生物を対象にゲノムワイドな解析が取り組まれるようになってきた。これらの解析は植物病理学分野に新鋭の研究手法を提供している。本稿では,バクテリア,糸状菌,線虫などの植物病原微生物におけるゲノミクス研究の現状と展望について概説するとともに,重要な植物寄生線虫であるマツノザイセンチュウを対象としたEST(ExpressedSequenceTag)プロジェクトについて紹介する。