菌類が関連していないキクイムシは存在しない。キクイムシ関連菌の中には子嚢菌類や担子菌類といった非常に多様な菌類が含まれる。その中で経済的, 生態的重要性からオフィオストマキン科, クワイカビ科の菌類に関する研究が進んできた。アンブロシア菌は養菌性キクイムシと絶対的共生関係にあるが, 系統的に異系のグループであることが近年になって判明してきた。またオフィオストマキン科, クワイカビ科にそれぞれ近縁であることも明らかになってきた。両科は樹皮下穿孔性キクイムシの主要な随伴菌としても知られ, 直接的, 間接的にさまざまな共生関係を樹皮下キクイムシと結んでいる。キクイムシは進化の過程で養菌性を複数回進化させてきたが, 菌類は自身の系統とは無関係にキクイムシと共生関係を結んできたと考えられる。そして結果的に, キクイムシ随伴菌はキクイムシの主要栄養源として機能する絶対的共生関係から, 宿主樹木に対する病原力をもってキクイムシの繁殖戦略に貢献する共生関係まで, 非常にさまざまな関係を結ぶことになったと考えられる。