DNA塩基配列上の一塩基多型を利用したSNP（single nucleotide polymorphism）分析によるマツノザイセンチュウ抵抗性クロマツのクローン識別を試みた。まず，maritime pineのEST（expressed sequence tag）塩基配列情報を基に，本研究において新たに設計した2対のPCRプライマーで増幅される2 DNA領域について全16抵抗性クローンの塩基配列を決定した。その結果，これらのDNA領域中に合計20個のSNPが存在することが明らかとなった。このうちから16クローンすべてを識別するのに有効な9サイトを選定し，プライマー伸長法と蛍光法を組み合わせたSNPタイピングを行った。さらに，2対のPCRプライマーによるマルチプレックスPCRと9種類のSNPマーカーのマルチプレックスタイピングによる識別作業の効率化を行った。また，同一クローンで複数ラメートを使用し，再現性について検討したところ，常に安定したSNPタイプが得られ，信頼性のきわめて高いクローン管理が可能となった。