現代日本人頭骨計測値の地域性に影響を与える要因として,計測誤差,標本のサンプリングによる偏り,時代変化がある.計測誤差およびサンプリングにより生じる差をコントロールとして集団間差の大きさを評価し,現代日本人頭骨にみられる地域差と時代差の関連を検討することを目的として,現代日本人頭骨研究班による近世アイヌをふくむ日本人15集団間の差を分析した.計測誤差とサンプリングによる差のためのコントロールとして東京都出土の江戸時代後期の男性頭骨延べ13集団を用いた.また,江戸時代以後における頭骨計測値の時代変化を調べるために,江戸時代および現代日本人頭骨を比較した.計測誤差が小さい項目を用いた多変量解析の結果,現代日本人頭骨の集団間差は計測誤差よりはるかに大きく,全体としてみればサンプリングによる差に比べても大きい.資料の収集年度を検討すると,クラスター分析の結果に基づくアイヌを除く現代日本人14集団のグループ分けは時代変化の影響をかなり強く受けていると考えられる.判別分析の結果によれば,このグループ分けに最も大きな影響をもつ項目は頭骨最大幅である.統計的に有意な集団問差を示す項目の多くは時代変化をも示すたあ,明治から昭和時代にかけて集められた頭骨資料に基づいて,時代変化の影響をとり除いた地域差を分析することは難しいであろう.