Endo-α- N -acetylgalactosaminidase(endo-α)は，ムチン型 O -glycanのコア1構造(Gaβ1-3GalNAcα1-Ser/Thr)の O -グリコシドα結合を加水分解する酵素であり，glycoside hydrolase(GH)family 101に分類されている．本酵素はその糖転移活性により，様々な複合糖鎖の合成に利用できることから，構造機能相関を解明することが求められている． Bifidobacterium longum JCM1217株由来のendo-α (EngBF)はすでに詳細な機能解析が行われている．EngBFは，ムチン型コア1糖鎖を特異的に認識してコアタンパクからガラクト- N -ビオース(GNB, Galβ1-3GalNAc)を無傷で遊離する．本発表では，2.25Å分解能で決定したEngBFの結晶構造を報告する．EngBFの触媒ドメインはGH13 α-アミラーゼファミリーのTIMバレルフォールドと類似していた．α-アミラーゼファミリーとの構造比較により，EngBFの触媒残基はAsp789(求核種)およびGlu822(酸塩基触媒)であることが明らかになった．さらに，EngBFの基質認識の構造的基盤をGNBのドッキング解析および変異導入実験によって予想し， Clostridium perfringens strain 13由来endo-α (EngCP)と比較した．EngBFとEngCPの異なる基質特異性は，基質結合ポケットを形成する領域におけるアミノ酸配列の違いに帰結された．我々の結果は，ムチン型 O -glycanをintactな状態で遊離するendoglycosidaseの反応機構と基質認識機構に関する知見を提供するものである．