文章基本信息

标题：Identification of a Single Nucleotide Polymorphism at Hinf-1 Enzyme Restriction Site of Pit-1 Gene on Indonesian Bali Cattle Population
本地全文：下载
作者：Jakaria Jakaria ; Ronny R Noor
期刊名称：Tropical Animal Science Journal
印刷版ISSN：2615-787X
电子版ISSN：2615-790X
出版年度：2015
卷号：38
期号：2
页码：104-109
DOI：10.5398/medpet.2015.38.2.104
语种：English
出版社：Bogor Agricultural University
摘要：This study aimed to determine the Pit-1|Hinf-1 gene polymorphism in Bali cattle (Bos javanicus) as Indonesian native cattle and besides Madura, Pesisir, Aceh, and Katingan cattle breeds as a comparison. DNA samples were extracted from 488 blood samples consisting of Bali (245 heads), Madura (68 heads), Aceh (25 heads), Pesisir (100 heads) and Katingan (50 heads) cattle. The diversity of the Pit-1|Hinf-1 gene wasere analyzed using PCR-RFLP. Whereas the nucleotide base mutations were identified by sequencing. Genotyping data were analyzed by calculating the allele frequency, observed heterozygosity (Ho) and expected heterozygosity (He) values as well as Hardry-Weinberg equilibrium test using POPGENE 1.31 program. Whereas, Tthe sequence data were analyzed by using MEGA6 program. The Pit-1|Hinf-1 gene fragment analysis showed that Bali, Madura, Pesisir, Aceh, and Katingan cattle had high BB genotype, resulting in B allele frequency of 0.982, 0.963, 0.925, 0.960, and 0.960, respectively. Ho and He values were 0.074-0.130 and 0.036-0.139, respectively. Hardy-Weinberg equilibrium test did not significant for all breed populations, except for Aceh cattle population (P<0.05). Mutation from guanine (G) to adenine (A) was found in Pit-1 gene fragment. Therefore, Pit-1|Hinf-1 gene fragment had low genetic diversity in Bali cattle and other breeds population.
其他摘要：Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi keragaman gen Pit-1|Hinf-1 pada sapi bali (Bos javanicus) sebagai sapi asli Indonesia, selain itu digunakan sapi Madura, Pesisir, Aceh, dan Katingan sebagai pembanding. Total sampel darah yang digunakan adalah dari 488 ekor, terdiri atas sapi Bali 245 ekor, sapi Madura 68 ekor, sapi Aceh 25 ekor, sapi Pesisir 100 ekor, dan sapi Katingan 50 ekor diekstraksi DNAnya. Keragaman gen Pit-1|Hinf-1 dianalisis menggunakan teknik PCR-RFLP, sedangkan perubahan basa nukleotida diidentifikasi dengan teknik sekuensing. Data genotiping dianalisis dengan menghitung frekuensi gen, nilai heterosigositas dan uji kesimbangan HardyWeinberg menggunakan program POPGENE 1.31, sedangkan data sekuens dianalisis dengan program MEGA6. Hasil analisis fragmen gen Pit-1|Hinf-1 menunjukkan bahwa sapi Bali, Madura, Pesisir, Aceh, dan Katingan memiliki genotipe BB yang tinggi, sehingga menghasilkan alel B dengan frekuensi masing-masing 0,982, 0,963, 0.925, 0,960, dan 0,960. Nilai dugaan heterosigositas observasi (Ho) dan hetersigositas harapan (He) adalah 0,074-0,130 dan 0,035-0,129. Hasil uji keseimbangan Hardy-Weinberg tidak berbeda, kecuali pada populasi sapi Aceh (P<0,05). Ditemukan perubahan basa dari guanin (G) menjadi adenin (A) pada situs pemotong enzim Hinf-1 di gen Pit-1. Dengan demikian, gen Pit-1|Hinf-1 memiliki keragaman genetik yang rendah pada populasi sapi Bali dan sapi lokal lainnya.
关键词：Bali cattle;Pit-1|Hinf-1 gene;polymorphism
其他关键词：sapi Bali;gen Pit-1|Hinf-1;polimorfisme